У време страшних верских ратова и опште помаме за такозваним ловом на вештице, овај велики немачки научник појавио се пред судом сличном инквизицији. Ипак, нису његове идеје биле те којима се судило.
У питању је била његова мајка – Катарина Кеплер, старица од скоро 70 година, коју су оптужили да се бави вештичарењем. Управо њена прича била је тема књиге Астроном и вештица (Оксфорд, 2015), коју је написала Улинка Рублак, немачка историчарка са Кембриџа, која се бави раном модерном историјом Европе.
Несрећну Катарину најпре је, 1615. године, оптужила њена комшиница, Урсула Рејнболд, тврдећи да је Катарина трује. Затим су почеле да се ређају и друге оптужбе, попут сведочења једног школског учитеља да је, захваљујући вину које му је она дала, добио неку чудну болест од које је временом постао потпуно хром. Исти учитељ тврдио је да му је Катарина једном приликом на чудесан начин ушла у кућу, и то кроз закључана врата.
Једна дванаестогодишња девојчица посведочила је да ју је Кеплерова мајка ударила по руци док је пролазила, да је осетила невероватан бол који се временом увећавао, тако да на крају није била у стању да помера прст. Било је још чуднијих сведочења, попут оних да се Катарина ноћу претвара у мачку, да је ископала са гробља лобању свога оца, да ју је одгајала тетка која је била вештица и слично.
Због свих ових оптужби (чији је број константно растао), Катарина је завршила на суду, у процесу који је трајао чак шест година. На крају је, 1620. године, завршила у затвору, где је више од годину дана била окована за под затворске ћелије.
Овај судски процес растурио је породицу Кеплерових. Кристоф, један од њених синова, престао је да јој у потпуности пружа подршку, чим се осетио угроженим. Катаринина ћерка Маргарета није могла да остави своју породицу да би бринула о затвореној мајци, остављајући Катарину, како је ова говорила, „саму и без утехе“. Њен други син Хајнрих временом се придружио оптужбама. Чак је и Јохан Кеплер изражавао амбивалентност према њеном случају, питајући се да ли је можда његова мајка сама одговорна за сопствену несрећу.
Упркос сумњама, астроном је одлучио да помогне мајци и правно је заступа на суду. На крају крајева, због њеног случаја је и његова репутација била на коцки. Преселио је своју породицу из аустријског града Линца, где је живео и радио, у јужну Немачку, где је Катарина била затворена. Иако на врхунцу научне каријере, морао је да остави по страни посао царског математичара и научни рад на скоро годину дана, да би се темељно припремио за суђење и у потпуности се посветио само једном циљу – постизању ослобођајуће пресуде за своју мајку.
Кеплерова одбрана Катарине била је реторичко ремек-дело, наводи Рублак. Он је, као врсни математичар, био у стању да уочи и раскринка противречности у излагањима тужилаца и сведока, као и да покаже да се магичне „болести“, за које су оптуживали његову мајку, могу објаснити уз помоћ медицинског знања и здравог разума.
Након 14 месеци од затварања, Катарина је, захваљујући Јохановој изванредној одбрани, 1621. ослобођена свих оптужби, али јој ипак није дозвољено да се врати у Леонберг, градић у којем је провела читав живот. Нажалост, умрла је шест месеци након изласка из затвора, будући да јој је здравље већ било озбиљно нарушено боравком у тамничким условима.
Јохан никад није рекао својим пријатељима и колегама зашто је одсуствовао са посла нити је обнародовао своју велику победу на суду. Једноставно, стигма оптужбе за вештичарење у то време била је превелика.
Почетком 17. века, нарочито у Немачкој, овакве оптужбе нису биле шала, јер се због њих лако могло завршити на справама за мучење, вешалима или ломачи. Нажалост, већина жена тог времена нису имале правног заступника као што је био Јохан Кеплер. Како наводи Рублак, између 40.000 и 50.000 људи погубљено је у Европи за време такозваног лова на вештице. Од тога, око 22.000 жртава било је убијено у земљама немачког говорног подручја, између 1560. и 1700. године. „Више од седамдесет пет процената оних који су оптужени за вештичарење биле су жене“, констатује немачка историчарка.