U vreme strašnih verskih ratova i opšte pomame za takozvanim lovom na veštice, ovaj veliki nemački naučnik pojavio se pred sudom sličnom inkviziciji. Ipak, nisu njegove ideje bile te kojima se sudilo.
U pitanju je bila njegova majka – Katarina Kepler, starica od skoro 70 godina, koju su optužili da se bavi veštičarenjem. Upravo njena priča bila je tema knjige Astronom i veštica (Oksford, 2015), koju je napisala Ulinka Rublak, nemačka istoričarka sa Kembridža, koja se bavi ranom modernom istorijom Evrope.
Nesrećnu Katarinu najpre je, 1615. godine, optužila njena komšinica, Ursula Rejnbold, tvrdeći da je Katarina truje. Zatim su počele da se ređaju i druge optužbe, poput svedočenja jednog školskog učitelja da je, zahvaljujući vinu koje mu je ona dala, dobio neku čudnu bolest od koje je vremenom postao potpuno hrom. Isti učitelj tvrdio je da mu je Katarina jednom prilikom na čudesan način ušla u kuću, i to kroz zaključana vrata.
Jedna dvanaestogodišnja devojčica posvedočila je da ju je Keplerova majka udarila po ruci dok je prolazila, da je osetila neverovatan bol koji se vremenom uvećavao, tako da na kraju nije bila u stanju da pomera prst. Bilo je još čudnijih svedočenja, poput onih da se Katarina noću pretvara u mačku, da je iskopala sa groblja lobanju svoga oca, da ju je odgajala tetka koja je bila veštica i slično.
Zbog svih ovih optužbi (čiji je broj konstantno rastao), Katarina je završila na sudu, u procesu koji je trajao čak šest godina. Na kraju je, 1620. godine, završila u zatvoru, gde je više od godinu dana bila okovana za pod zatvorske ćelije.
Ovaj sudski proces rasturio je porodicu Keplerovih. Kristof, jedan od njenih sinova, prestao je da joj u potpunosti pruža podršku, čim se osetio ugroženim. Katarinina ćerka Margareta nije mogla da ostavi svoju porodicu da bi brinula o zatvorenoj majci, ostavljajući Katarinu, kako je ova govorila, „samu i bez utehe“. Njen drugi sin Hajnrih vremenom se pridružio optužbama. Čak je i Johan Kepler izražavao ambivalentnost prema njenom slučaju, pitajući se da li je možda njegova majka sama odgovorna za sopstvenu nesreću.
Uprkos sumnjama, astronom je odlučio da pomogne majci i pravno je zastupa na sudu. Na kraju krajeva, zbog njenog slučaja je i njegova reputacija bila na kocki. Preselio je svoju porodicu iz austrijskog grada Linca, gde je živeo i radio, u južnu Nemačku, gde je Katarina bila zatvorena. Iako na vrhuncu naučne karijere, morao je da ostavi po strani posao carskog matematičara i naučni rad na skoro godinu dana, da bi se temeljno pripremio za suđenje i u potpunosti se posvetio samo jednom cilju – postizanju oslobođajuće presude za svoju majku.
Keplerova odbrana Katarine bila je retoričko remek-delo, navodi Rublak. On je, kao vrsni matematičar, bio u stanju da uoči i raskrinka protivrečnosti u izlaganjima tužilaca i svedoka, kao i da pokaže da se magične „bolesti“, za koje su optuživali njegovu majku, mogu objasniti uz pomoć medicinskog znanja i zdravog razuma.
Nakon 14 meseci od zatvaranja, Katarina je, zahvaljujući Johanovoj izvanrednoj odbrani, 1621. oslobođena svih optužbi, ali joj ipak nije dozvoljeno da se vrati u Leonberg, gradić u kojem je provela čitav život. Nažalost, umrla je šest meseci nakon izlaska iz zatvora, budući da joj je zdravlje već bilo ozbiljno narušeno boravkom u tamničkim uslovima.
Johan nikad nije rekao svojim prijateljima i kolegama zašto je odsustvovao sa posla niti je obnarodovao svoju veliku pobedu na sudu. Jednostavno, stigma optužbe za veštičarenje u to vreme bila je prevelika.
Početkom 17. veka, naročito u Nemačkoj, ovakve optužbe nisu bile šala, jer se zbog njih lako moglo završiti na spravama za mučenje, vešalima ili lomači. Nažalost, većina žena tog vremena nisu imale pravnog zastupnika kao što je bio Johan Kepler. Kako navodi Rublak, između 40.000 i 50.000 ljudi pogubljeno je u Evropi za vreme takozvanog lova na veštice. Od toga, oko 22.000 žrtava bilo je ubijeno u zemljama nemačkog govornog područja, između 1560. i 1700. godine. „Više od sedamdeset pet procenata onih koji su optuženi za veštičarenje bile su žene“, konstatuje nemačka istoričarka.