Naučni krug

Softver za naučne ilustracije

BioRender vremenom postaje prvi izbor istraživača za grafičko prikazivanje naučnih dostignuća

Izvor: BioRender

Tekst: Bogdan Đorđević

Kao i mnogi drugi istraživači, Rita Setler se obrazovala da bi mogla da sprovodi naučna istraživanja, ne i da crta. Ali nije dovoljno samo pisati o nauci, nekada je potrebno i ilustrovati. Kada dođe vreme da se dokumentuje studija, ona čini ono što je karakteristično i za većinu njenih kolega – maši se PowerPoint-a.

Majkrosoftov program za kreiranje i uređivanje prezentacija, jedan je od dve najpopularnije opcije kod predstavljanja naučnih ilustracija; druga je Adobe Illustrator. Adobe je alat koji zahteva viši stepen znanja i podrazumeva profesionalniji pristup crtanju, dok je snaga Power Point-a, sa druge strane, mogućnost izrade prezentacija, ali ne i razvijen grafički dizajn.

„Ne bih da budem pregruba prema sebi, ali hajde da kažemo da slike naprosto nisu dobre“, komentariše Setlerova rezultate svog „umetničkog dela“.

Promene su usledile tek 2019. godine kada je jedan student iz njene laboratorije predložio alternativu – BioRender, alat dostupan na internetu, namenjen za ilustrovanju bioloških i medicinskih istraživanja. Razvijen u Torontu, u Kanadi 2017. godine, BioRender sadrži opsežnu biblioteku najrazličitijih „ikonica“, tj. slika koje označavaju elemente iz biologije i medicine. Istraživači jednostavnim postupkom mogu da postave svaku od tih ikonica na „platno“ i zatim upravljaju njima kao da su krugovi ili mnogouglovi.

Za Setlerovu, koja je zaposlena na Neurološkom Institutu Berou u Finiksu (Arizona, SAD), na ovaj način omogućeno je brzo ilustrovanje složenih puteva diferencijacije ćelija, a da pritom nije nužno crtati svaku ćeliju ispočetka. „Svi su oduševljeni“, zadovoljno ističe Setlerova i dodaje: „Brzo smo se prilagodili ovome i od tada zaista ne koristimo ništa drugo.“

Izvor: BioRender

 

Manje priče, više ilustracija

Da bi naučnici bili uspešni, neophodno je da efikasno komuniciraju sa urednicima, recenzentima, finansijerima i kolegama. Najzastupljeniji kanali putem kojih stručnjaci objavljuju svoja dostignuća – tekstovi u naučnim časopisima ili razne aplikacije za stipendiranje istraživanja – uglavnom imaju ograničen broj strana. Zato jedna ilustracija može vredeti i više od 1000 reči. „Ako vam je cilj da obelodanite svoja otkrića ili jednostavno želite da pri apliciranju objasnite šta tačno želite da postignete istraživanjem, veoma je važno da  to možete da prikažete i grafički“, naglašava Vilfrid Rosol, neurobiolog sa klinike Mejo u Džeksonvilu, na Floridi.

Ovi grafici obično mogu poslužiti kao ilustracije predloženih modela, eksperimentalnih metoda ili biohemijskih analiza, a sve je veći broj časopisa koji istraživačima omogućuju da grafički predstave svoje radove, npr. da objave ilustracije koje imaju za cilj da sumiraju ključne teze rada – a poneki čak nude opciju da objavite apstrakt u formi stripa!

Istraživači za te potrebe uglavnom koriste PowerPoint ili Adobe Illustrator, ali nijedan ni drugi program nisu osmišljeni s ciljem da (konkertno) naučnicima olakšaju posao. „Nekada mi je bilo potrebno i po nekoliko dana da bih kreirao odgovarajuću ilustraciju određenog tkiva ili ćelije“, žali se Akiko Ivasaki, imunolog sa Univerziteta Jejl u Konektikatu, koji kaže da sada, pomoću BioRender-a, za samo nekoliko minuta može da nacrt sve što mu je potrebno.

U bazi ovog softvera nalazi se oko 30.000 slika iz oblasti anatomije, zoologije, bakteriologije, biohemije, genetike, molekularne biologije, fiziologije, virusologije, ekologije i srodnih disciplina. Dakle, moguće je pronaći sve – od koronavirusa SARS-CoV-2, pa do vinske mušice Drosophila melanogaster. Korisnici mogu lako da prilagode veličinu, rotiraju sliku ili promene boju ikonica. Ali oni nemaju opciju da promene osnovni izgled, recimo da dodaju ili uklone neki proteinski domen.

Biblioteka takođe sadrži i ikonice koje oslikavaju laboratorijski pribor, što omogućava ilustrovanje čitavog procesa istraživanja i prezentovanje opreme koja se zaista upotrebljava u ogledima. Među dostupnim predmetima su i složeni uređaji, kao što je Orbitrap Fusion Tribrid, koji se koristi u masenoj spektometriji (tehnici kojom se analiziraju molekuli na osnovu njihove mase) ili MinION-a, čije je polje primene DNK sekvenciranje.

„Mogu vrlo brzo da sastavim grafički prikaz plana eksperimenta i odmah ću dobiti povratne informacije od svojih saradnika – da li je dizajn dobar ili je potrebno da se nešto menja“, ističe stručni saradnik Bristol Majers Skviba u Sijetlu, Bet Kenkel.

Istraživačima je pružena i prilika da stvore ikonice koje predstavljaju specifične strukture u Proteinskoj banci podataka, kolekciji 3D strukturnih podataka velikih bioloških molekula, kao što su proteini i nukleinske kiseline.

Izvor: Wikimedia Commons

 

Između vekt(o)r(a) i kanva(sa)

Sve mogućnosti koje pruža BioRender namenjene su naučnicima, radi lakšeg predočavanja složenih naučnih postupaka. U programu su unapred pripremljeni različiti stilovi linija i strelica za prikazivanje metaboličkih puteva. Na primer, postoje posebne serije četkica za crtanje membrana plazmida, cirkulatornog sistema ili nukleinskih kiselina.

Hemičar Endru Dins radi na Institutu Sent Vinsent u Melburnu i u oktobru 2019. godine objavio je članak koji sadrži četiri grafika kreirana u BioRender programu. Dins je do tog trenutka koristio Adobe Illustrator i to mu nije predstavljalo nikakav problem, ali je ubrzo uvideo da je obučavanje novih ljudi teško i da zahteva dosta vremena. Zato njegovi studenti „vole“ BioRender, ali i dalje ima onih koji koriste Adobe Photoshop i Adobe Illustrator. On napominje da jedan njegov student, talentovan za crtanje slobodnom rukom, uglavnom stvara ilustracije koristeći Tayasui Sketches iPad aplikaciju, kao i olovku koju je proizveo Apple.

Osim BioRender-a, neki naučnici dobro rešenje vide i u „alatki” Vectr, koja služi za iscrtavanje vektorskih grafika ili i u programu pod nazivom Canva, najkorisnijijem kod kreiranja slika za socijalne mreže. Obe solucije su besplatne, dostupne na internetu i jednostavne za upotrebu. Od ostalih programa za crtanje primenjivih i u naučne svrhe, pomenućemo još Inkscape i CorelDRAW koji se može upotpuniti slikama sa Noun Project-a, kolekcije od preko dva miliona dostupnih ikonica. Dobar izbor je uroniti i u bazu Servier Medical Art francuske farmaceutske kompanije Servier, sa oko 3.000 slika za besplatnu upotrebu.

Prema zvaničnim podacima, BioRender u ovom trenutku ima oko 200.000 korisnika. Pristup jeste besplatan, ali svaka ilustracija sadrži žig sa potpisom, a izlazne datoteke imaju ograničenu rezoluciju i format. Takođe, za objavljivanje slika potrebna je odgovarajuća licenca. Korisnici mogu da biraju hoće li započeti rad popunjavajući prazan prostor ili, pak, koristeći neki od više stotina već dizajniranih šablona. Jedan od trenutno najpopularnijih šablona je onaj koji detaljno prikazuje način replikacije virusa Kovid-19.

Izvor: Ilustraciju, uz pomoć programa BioRender, napravio Bogdan Đorđević

 

Istražite druge tekstove:


Grb Republike Srbije
ecsite nsta eusea astc

CPN
Ulica kralja Petra 46
11000 Beograd
Republika Srbija
+381 11 24 00 260
centar@cpn.rs