Научни круг

Софтвер за научне илустрације

BioRender временом постаје први избор истраживача за графичко приказивање научних достигнућа

Извор: BioRender

Текст: Богдан Ђорђевић

Као и многи други истраживачи, Рита Сетлер се образовала да би могла да спроводи научна истраживања, не и да црта. Али није довољно само писати о науци, некада је потребно и илустровати. Када дође време да се документује студија, она чини оно што је карактеристично и за већину њених колега – маши се PowerPoint-а.

Мајкрософтов програм за креирање и уређивање презентација, један је од две најпопуларније опције код представљања научних илустрација; друга је Adobe Illustrator. Adobe је алат који захтева виши степен знања и подразумева професионалнији приступ цртању, док је снага Power Point-а, са друге стране, могућност израде презентација, али не и развијен графички дизајн.

„Не бих да будем прегруба према себи, али хајде да кажемо да слике напросто нису добре“, коментарише Сетлерова резултате свог „уметничког дела“.

Промене су уследиле тек 2019. године када је један студент из њене лабораторије предложио алтернативу – BioRender, алат доступан на интернету, намењен за илустровању биолошких и медицинских истраживања. Развијен у Торонту, у Канади 2017. године, BioRender садржи опсежну библиотеку најразличитијих „иконица“, тј. слика које означавају елементе из биологије и медицине. Истраживачи једноставним поступком могу да поставе сваку од тих иконица на „платно“ и затим управљају њима као да су кругови или многоуглови.

За Сетлерову, која је запослена на Неуролошком Институту Бероу у Финиксу (Аризона, САД), на овај начин омогућено је брзо илустровање сложених путева диференцијације ћелија, а да притом није нужно цртати сваку ћелију испочетка. „Сви су одушевљени“, задовољно истиче Сетлерова и додаје: „Брзо смо се прилагодили овоме и од тада заиста не користимо ништа друго.“

Извор: BioRender

 

Мање приче, више илустрација

Да би научници били успешни, неопходно је да ефикасно комуницирају са уредницима, рецензентима, финансијерима и колегама. Најзаступљенији канали путем којих стручњаци објављују своја достигнућа – текстови у научним часописима или разне апликације за стипендирање истраживања – углавном имају ограничен број страна. Зато једна илустрација може вредети и више од 1000 речи. „Ако вам је циљ да обелоданите своја открића или једноставно желите да при аплицирању објасните шта тачно желите да постигнете истраживањем, веома је важно да  то можете да прикажете и графички“, наглашава Вилфрид Росол, неуробиолог са клинике Мејо у Џексонвилу, на Флориди.

Ови графици обично могу послужити као илустрације предложених модела, експерименталних метода или биохемијских анализа, а све је већи број часописа који истраживачима омогућују да графички представе своје радове, нпр. да објаве илустрације које имају за циљ да сумирају кључне тезе рада – а понеки чак нуде опцију да објавите апстракт у форми стрипа!

Истраживачи за те потребе углавном користе PowerPoint или Adobe Illustrator, али ниједан ни други програм нису осмишљени с циљем да (конкертно) научницима олакшају посао. „Некада ми је било потребно и по неколико дана да бих креирао одговарајућу илустрацију одређеног ткива или ћелије“, жали се Акико Ивасаки, имунолог са Универзитета Јејл у Конектикату, који каже да сада, помоћу BioRender-а, за само неколико минута може да нацрт све што му је потребно.

У бази овог софтвера налази се око 30.000 слика из области анатомије, зоологије, бактериологије, биохемије, генетике, молекуларне биологије, физиологије, вирусологије, екологије и сродних дисциплина. Дакле, могуће је пронаћи све – од коронавируса SARS-CoV-2, па до винске мушице Drosophila melanogaster. Корисници могу лако да прилагоде величину, ротирају слику или промене боју иконица. Али они немају опцију да промене основни изглед, рецимо да додају или уклоне неки протеински домен.

Библиотека такође садржи и иконице које осликавају лабораторијски прибор, што омогућава илустровање читавог процеса истраживања и презентовање опреме која се заиста употребљава у огледима. Међу доступним предметима су и сложени уређаји, као што је Orbitrap Fusion Tribrid, који се користи у масеној спектометрији (техници којом се анализирају молекули на основу њихове масе) или MinION-а, чије је поље примене ДНК секвенцирање.

„Могу врло брзо да саставим графички приказ плана експеримента и одмах ћу добити повратне информације од својих сарадника – да ли је дизајн добар или је потребно да се нешто мења“, истиче стручни сарадник Бристол Мајерс Сквиба у Сијетлу, Бет Кенкел.

Истраживачима је пружена и прилика да створе иконице које представљају специфичне структуре у Протеинској банци података, колекцији 3D структурних података великих биолошких молекула, као што су протеини и нуклеинске киселине.

Извор: Wikimedia Commons

 

Између вект(о)р(а) и канва(са)

Све могућности које пружа BioRender намењене су научницима, ради лакшег предочавања сложених научних поступака. У програму су унапред припремљени различити стилови линија и стрелица за приказивање метаболичких путева. На пример, постоје посебне серије четкица за цртање мембрана плазмида, циркулаторног система или нуклеинских киселина.

Хемичар Ендру Динс ради на Институту Сент Винсент у Мелбурну и у октобру 2019. године објавио је чланак који садржи четири графика креирана у BioRender програму. Динс је до тог тренутка користио Adobe Illustrator и то му није представљало никакав проблем, али је убрзо увидео да је обучавање нових људи тешко и да захтева доста времена. Зато његови студенти „воле“ BioRender, али и даље има оних који користе Adobe Photoshop и Adobe Illustrator. Он напомиње да један његов студент, талентован за цртање слободном руком, углавном ствара илустрације користећи Tayasui Sketches iPad апликацију, као и оловку коју је произвео Apple.

Осим BioRender-а, неки научници добро решење виде и у „алатки” Vectr, која служи за исцртавање векторских графика или и у програму под називом Canva, најкориснијијем код креирања слика за социјалне мреже. Обе солуције су бесплатне, доступне на интернету и једноставне за употребу. Од осталих програма за цртање примењивих и у научне сврхе, поменућемо још Inkscape и CorelDRAW који се може употпунити сликама са Noun Project-а, колекције од преко два милиона доступних иконица. Добар избор је уронити и у базу Servier Medical Art француске фармацеутске компаније Servier, са око 3.000 слика за бесплатну употребу.

Према званичним подацима, BioRender у овом тренутку има око 200.000 корисника. Приступ јесте бесплатан, али свака илустрација садржи жиг са потписом, а излазне датотеке имају ограничену резолуцију и формат. Такође, за објављивање слика потребна је одговарајућа лиценца. Корисници могу да бирају хоће ли започети рад попуњавајући празан простор или, пак, користећи неки од више стотина већ дизајнираних шаблона. Један од тренутно најпопуларнијих шаблона је онај који детаљно приказује начин репликације вируса Ковид-19.

Извор: Илустрацију, уз помоћ програма BioRender, направио Богдан Ђорђевић

 

Истражите друге текстове:


Grb Republike Srbije
ecsite nsta eusea astc

ЦПН
Улица краља Петра 46
11000 Београд
Република Србија
+381 11 24 00 260
centar@cpn.rs